1. โรคทางพันธุกรรมบางชนิด

• ดาวน์ซินโดรม เกิดจากการที่ทารกมีโครโมโซมคู่ที่ 21 เกินมา ส่งผลให้เติบโตช้า ระดับสติปัญญาด้อยกว่าปกติ ประมาณร้อยละ 40 ของเด็กที่เป็นดาวน์ซินโดรมจะมีความผิดปกติของหัวใจ
• เทอร์เนอร์ซินโดรม (Turner syndrome) เกิดจากการที่โครโมโซมเพศหายไป 1 ตัวในเด็กหญิง ทำให้ตัวเตี้ยและไม่มีประจำเดือน ประมาณร้อยละ 30 ของเด็กที่เป็นเทอร์เนอร์ซินโดรมจะมีความผิดปกติที่ลิ้นหัวใจและเส้นเลือดตีบ

2. ปัจจัยเสี่ยงของแม่ขณะตั้งครรภ์

• โรคประจำตัวของแม่ เช่น โรคเบาหวาน ผู้ป่วยเบาหวานที่ควบคุมระดับน้ำตาลในเลือดไม่ดีในขณะตั้งครรภ์จะมีความเสี่ยงสูงที่ทำให้หัวใจทารกในครรภ์ผิดปกติ ที่พบบ่อยคือเส้นเลือดหัวใจของทารกสลับข้างกัน (TGA) และกล้ามเนื้อหัวใจหนา
• การเจ็บป่วยขณะตั้งครรภ์ โดยเฉพาะช่วง 3 เดือนแรกของการตั้งครรภ์อาจส่งผลต่อหัวใจทารกในครรภ์ได้ เช่น แม่ป่วยเป็นโรคหัดเยอรมัน ซึ่งไม่เพียงแต่ทำให้หัวใจทารกผิดปกติเท่านั้นแต่ยังทำให้อวัยวะอื่น เช่น สมองหรือตาผิดปกติด้วย โรคไข้หวัดใหญ่จะทำให้มีความเสี่ยงของหัวใจผิดปกติเพิ่มขึ้น 2 เท่า ดังนั้นขณะที่ตั้งครรภ์แม่จะต้องดูแลสุขภาพตัวเองให้ดีและก่อนตั้งครรภ์ควรได้รับวัคซีนป้องกันโรคหัดเยอรมัน (ในกรณีที่ไม่มีภูมิคุ้มกัน) และวัคซีนไข้หวัดใหญ่

นอกจากนี้ การที่แม่มีไข้สูงก็อาจส่งผลทำให้หัวใจทารกผิดปกติได้ จึงควรรับประทานยาลดไข้เมื่อมีไข้ ยาลดไข้ที่ปลอดภัยในช่วงตั้งครรภ์คือพาราเซตามอล ส่วนยาลดไข้ชนิดอื่น เช่น แอสไพรินหรือไอบูโปรเฟน ไม่ควรใช้เนื่องจากอาจทำให้หัวใจทารกผิดปกติได้ ข้อพึงระวังคือ ขณะตั้งครรภ์ควรใช้ยาให้น้อยที่สุด และปรึกษาแพทย์ก่อนใช้ยาทุกชนิด

• การได้รับยาหรือสารเคมีต่างๆ ขณะตั้งครรภ์

1. 1. การดื่มเครื่องดื่มแอลกอฮอล์หรือใช้สารเสพติดอาจส่งผลต่อหัวใจและอวัยวะอื่นๆ ของลูกในครรภ์รวมถึงสมองด้วย โดยความรุนแรงจะขึ้นอยู่กับปริมาณที่แม่รับเข้าไป วิธีป้องกันที่ดีที่สุดคืองดเครื่องดื่มแอลกอฮอล์และสารเสพติดทุกชนิดตลอดการตั้งครรภ์
   2. ควรหลีกเลี่ยงการใช้ยาอื่นๆ เช่น ยากันชัก ยาไอบูโปรเฟน ยารักษาสิวที่เป็นอนุพันธ์ของวิตามินเอจำพวกเรตินอยด์ (ทั้งยาทาและยารับประทาน)
   3. ควรหลีกเลี่ยงการสัมผัสสารเคมีบางชนิดโดยเฉพาะตัวทำละลาย (organic solvent) ที่ใช้ผสมในสี น้ำมันวานิช และยาทาเล็บ