• มีอาการบวมบริเวณทวารหนักหรือแก้มก้น และเจ็บรอบ ๆ หรือภายในรูทวารหนักตลอดเวลา
• มีอาการคันบริเวณรอบทวารหนัก หรือบริเวณผิวหนังโดยรอบ
• มีเลือดหรือน้ำเหลืองไหลออกมาจากทวารหนัก หรือเมื่อถ่ายอุจจาระแล้วมีหนองปนออกมาในระยะเรื้อรัง
• ผู้ป่วยบางรายมีอาการไข้สูง คลื่นไส้ อาเจียน

• ซักประวัติ, ตรวจร่างกายเบื้องต้น และการตรวจทวารหนัก
• การตรวจด้วยเอกซ์เรย์คลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า (Magnetic Resonance Imaging, MRI)
• อัลตราซาวนด์ทวารหนักโดยใช้คลื่นเสียงความถี่สูง (Endoanal Ultrasonography)

การรักษาจะมุ่งเน้นให้การหายขาดมากที่สุดโดยที่ไม่ทำลายหูรูดทวารหนักหรือทำลายน้อยที่สุดเพื่อให้ไม่มีความผิดปกติของการควบคุมการกลั้นอุจจาระหรือผายลม  การผ่าตัดรักษานั้นทำได้หลายวิธีขึ้นอยู่กับลักษณะของโรค ซึ่งแพทย์จะประเมินวิธีการรักษาหรือการผ่าตัดที่เหมาะสำหรับผู้ป่วยแต่ละบุคคล โดยสามารถแบ่งการผ่าตัดออกเป็น 2 วิธีหลัก ดังนี้

1. การผ่าตัดเปิดฝีคุณฑสูตร (Fistulotomy or fistulectomy) วิธีนี้เหมาะสำหรับฝีคัณฑสูตรชนิดที่อยู่ตื้น ผ่านหูรูดไม่มาก ซึ่งหลังทำการผ่าตัดมักจะไม่มีปัญหากับการควบคุมหูรูด
2. การผ่าตัดโดยการเก็บรักษาหูรูด หรือ LIFT (Ligation of intersphincteric fistula tract technique)  วิธีนี้เป็นการผ่าตัดที่แพทย์นิยมใช้ในการรักษาผู้ป่วยในปัจจุบันโดยเฉพาะในรายที่ฝีคัณฑสูตรผ่านกล้ามเนื้อหูรูดค่อนข้างลึก เนื่องจากเป็นวิธีที่ไม่ตัดหูรูด ทำให้ผู้ป่วยส่วนใหญ่มั่นใจได้ว่าหลังการผ่าตัดจะสามารถกลั้นอุจจาระได้ดังเดิม

เนื่องจากโรคฝีคัณฑสูตรเป็นโรคที่ยังไม่มีสาเหตุที่แน่ชัด ฉะนั้นจึงยังไม่มีวิธีป้องกัน