การผ่าตัดกล้ามเนื้อหูรูดชั้นในเป็นการตัดหรือขยายกล้ามเนื้อหูรูดชั้นในซึ่งเป็นกล้ามเนื้อที่บีบรัดและคลายตัวขณะถ่ายอุจจาระ การตัดกล้ามเนื้อหูรูดชั้นในจะป้องกันไม่ให้กล้ามเนื้อบีบรัดตัวและทำให้กล้ามเนื้ออ่อนแรงลงชั่วคราว จึงเปิดโอกาสให้แผลปริได้สมานตัว แพทย์จะนำส่วนที่เป็นแผลปริและเนื้อเยื่อส่วนที่เป็นแผลออก
การผ่าตัดอาจทำโดยใช้ยาชาเฉพาะที่หรือฉีดยาชาเข้าไขสันหลังเพื่อให้อวัยวะส่วนล่างของร่างกายชาก็ได้ บางกรณีอาจจำเป็นต้องใช้ยาสลบ แพทย์จะตัดสินใจว่าควรใช้ยาระงับความรู้สึกชนิดใดโดยดูจากตัวผู้ป่วยเองและความถนัดของแพทย์ สุขภาพของผู้ป่วยและระเบียบวิธีปฏิบัติมาตรฐานของสถานพยาบาลแห่งนั้นๆ

ผู้ป่วยต้องนอนบนเตียงผ่าตัดในท่าที่แพทย์สามารถจัดการบริเวณทวารหนักได้สะดวก อาจเป็นท่านอนคว่ำยกสะโพกขึ้นเล็กน้อยหรือนอนหงายแล้วยกขาวางไว้บนขาหยั่งก็ได้ หลังจากให้ยาระงับความรู้สึกแล้วจึงทำความสะอาดบริเวณที่จะผ่าตัดด้วยยาฆ่าเชื้อ

การผ่าตัดใช้เวลาประมาณ 20-30 นาที จากนั้นแพทย์จะเย็บแผลโดยมักใช้ไหมละลาย ผู้ป่วยส่วนใหญ่สามารถกลับบ้านได้ภายในวันเดียวกัน
 
 

ความเสี่ยงที่จะเกิดอาการแทรกซ้อนหลังจากผ่าตัดหูรูดทวารหนักมีน้อยมากแต่ก็อาจเกิดขึ้นได้บ้าง อาการที่มักพบได้แก่

• เลือดออกมาก
• กลั้นอุจจาระไม่อยู่
• ปัสสาวะไม่ออก
• ติดเชื้อ
• อาการที่เป็นผลสืบเนื่องจากการใช้ยาระงับความรู้สึก
• อาจเกิดฝีหรือแผลชอนทะลุ

• ก่อนการเดินทางมารักษา ถ้าผู้ป่วยรับประทานยาละลายลิ่มเลือด/ยาต้านการแข็งตัวของเลือดควรปรึกษาแพทย์เพื่อหยุดยา
• ผู้ป่วยชาวต่างชาติควรอยู่ในประเทศไทยอย่างน้อย 1 สัปดาห์หรือตลอดระยะเวลาการรักษา
• หากผู้ป่วยมีแผนการเดินทางหลังทำหัตถการ โปรดปรึกษาแพทย์ก่อนทำการจองการเดินทาง ผู้ป่วยสามารถเดินทางโดยสารโดยเครื่องบินได้ ไม่มีข้อจำกัดใดๆ
• ผู้ป่วยจะได้รับการตรวจร่างกายและดูแลแผลผ่าตัดในวันนัด รวมถึงได้รับเอกสารสรุปประวัติการรักษา เอกสาร Fit to Fly (ถ้าผู้ป่วยจำเป็นต้องใช้ก่อนขึ้นเครื่อง)

ขึ้นอยู่กับสภาพร่างกายของผู้ป่วยและการปฏิบัติตัว หากมีข้อสงสัยควรปรึกษาแพทย์
 
หากไม่ทำหัตถการนี้จะเกิดอะไรขึ้น
อาการเจ็บป่วยอาจรุนแรงจนส่งผลให้ผู้ป่วยไม่สามารถดำเนินชีวิตประจำวันได้
 

ปกติการผ่าตัดหูรูดทวารหนักมักเป็นทางเลือกสุดท้ายหลังจากรักษาแผลปริที่เยื่อบุทวารหนักด้วยวิธีอื่นๆ มาแล้วแต่แผลไม่หาย