แพทย์จะฉีดยาเข้าทางเส้นเลือดดำเพื่อให้ผู้ป่วยรู้สึกผ่อนคลายและง่วง เมื่อผู้ป่วยรู้สึกผ่อนคลาย แพทย์จะตรวจทวารหนักโดยใช้นิ้วที่สวมถุงมือและทาเจลหล่อลื่นแล้ว จากนั้นแพทย์จะทำการสอดใส่กล้องส่องตรวจเข้าไปทางทวารหนักอย่างระมัดระวัง และค่อยๆ เลื่อนกล้องเข้าไปจนถึงส่วนของลำไส้ใหญ่ตอนต้น ซึ่งในขณะที่กล้องผ่านทวารหนักเข้าไปนั้น ผู้ป่วยอาจรู้สึกเหมือนปวดอุจจาระ และเนื่องจากการสอดกล้องเข้าไปจะทำให้มีอากาศจำนวนหนึ่งไหลผ่านเข้าไปทางทวารหนัก จึงอาจทำให้เกิดอาการปวดมวนท้องหรือรู้สึกเหมือนท้องอืดได้
ระหว่างที่กล้องอยู่ในลำไส้ใหญ่แล้ว แพทย์จะสามารถเห็นสภาพภายในลำไส้ใหญ่ของผู้ป่วยได้ทั้งหมด หากแพทย์พบก้อนเนื้อที่น่าสงสัย แพทย์จะทำการตัดก้อนเนื้อเพื่อนำไปตรวจ