• ใช้ในการประเมินปัญหาที่เกิดขึ้นกับลำไส้ใหญ่ เช่น การเสียเลือด ความเจ็บปวด และอาการเปลี่ยนแปลงของลำไส้ใหญ่ เช่น ท้องเสียเรื้อรัง หรืออาการผิดปกติอื่นๆ ที่อาจตรวจพบมาแล้วจากการตรวจร่างกายก่อนหน้านี้
• บ่งชี้ให้แพทย์ทราบและช่วยในการรักษาอาการเลือดออกในลำไส้ใหญ่
• ใช้ในการตรวจหามะเร็งลำไส้ใหญ่และช่วยในการรักษาก้อนเนื้องอกแบบที่ไม่ใช่มะเร็ง (polyps) ที่เจริญเติบโตขึ้นที่บริเวณผนังลำไส้ใหญ่

แพทย์จะฉีดยาเข้าทางเส้นเลือดดำเพื่อให้ผู้ป่วยรู้สึกผ่อนคลายและง่วง เมื่อผู้ป่วยรู้สึกผ่อนคลาย แพทย์จะตรวจทวารหนักโดยใช้นิ้วที่สวมถุงมือและทาเจลหล่อลื่นแล้ว จากนั้นแพทย์จะทำการสอดใส่กล้องส่องตรวจเข้าไปทางทวารหนักอย่างระมัดระวัง และค่อยๆ เลื่อนกล้องเข้าไปจนถึงส่วนของลำไส้ใหญ่ตอนต้น ซึ่งในขณะที่กล้องผ่านทวารหนักเข้าไปนั้น ผู้ป่วยอาจรู้สึกเหมือนปวดอุจจาระ และเนื่องจากการสอดกล้องเข้าไปจะทำให้มีอากาศจำนวนหนึ่งไหลผ่านเข้าไปทางทวารหนัก จึงอาจทำให้เกิดอาการปวดมวนท้องหรือรู้สึกเหมือนท้องอืดได้
 
ระหว่างที่กล้องอยู่ในลำไส้ใหญ่แล้ว แพทย์จะสามารถเห็นสภาพภายในลำไส้ใหญ่ของผู้ป่วยได้ทั้งหมด หากแพทย์พบก้อนเนื้อที่น่าสงสัย แพทย์จะทำการตัดก้อนเนื้อเพื่อนำไปตรวจ  
 

การส่องกล้องตรวจลำไส้ใหญ่เป็นวิธีการที่มีความปลอดภัยสูง แต่ก็อาจทำให้เกิดภาวะแทรกซ้อนได้ เช่น

• บาดแผลที่อาจเกิดขึ้นที่บริเวณผนังลำไส้ใหญ่
• ภาวะเลือดออกภายในลำไส้ในกรณีที่ตัดก้อนเนื้อไปตรวจ ซึ่งหากมีภาวะนี้เกิดขึ้นแพทย์จะทำการให้เลือดกับผู้ป่วย หรือนำกล้องออกมาจากลำไส้ก่อนเพื่อรอให้เลือดหยุดแล้วจึงใส่กลับเข้าไปใหม่
• อาการท้องอืดท้องเฟ้อ หรือปวดมวนท้องเล็กน้อยหลังรับการส่องกล้อง ซึ่งอาการเหล่านี้จะหายไปภายใน 24 ชั่วโมงหรือน้อยกว่านั้น