โรคลำไส้อักเสบเรื่อรัง ไม่สามารถรักษาให้หายขาดได้ แต่สามารถทำให้อาการต่างๆ หายได้ โดยอาศัยความร่วมมือและความเข้าใจระหว่างแพทย์กับผู้ป่วย

การรักษาแบ่งออกเป็น 2 ช่วง 

• ช่วงที่ 1 ชักนำให้โรคสงบ ด้วยยาต้านการอักเสบเป็นระยะเวลาประมาณ 3-6 เดือน
• ช่วงที่ 2 ระยะโรคสงบ จะใช้ยาเพื่อลดอาการกำเริบ

ซึ่งเป็นยาในกลุ่มต้านการอักเสบ รวมถึงยากดภูมิคุ้มกันและยาชีววัตถุ ซึ่งมีทั้งข้อดีแล้วก็ข้อเสีย ดังนั้นการรักษาจึงต้องอาศัยความร่วมมือและความเข้าใจกันระหว่างผู้ป่วยกับคุณหมอด้วย