โรคลำไส้อักเสบเรื้อรังเกิดจากการอักเสบเรื้อรังของทางเดินอาหาร มีสาเหตุจากความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันที่ทำงานผิดพลาดและโจมตีเซลล์ของร่างกายเอง โดยยังไม่ทราบสาเหตุแน่ชัดว่าเกิดขึ้นได้อย่างไร ปัจจัยที่เกี่ยวข้องอาจรวมถึงกรรมพันธุ์ ภูมิคุ้มกัน และสิ่งแวดล้อม รวมถึงอาหารและความเครียดที่อาจเป็นตัวกระตุ้นอาการให้กำเริบได้