นิ่วในถุงน้ำดีมี 2 ชนิดหลัก ได้แก่

• ชนิดที่เกิดจากคอเลสเตอรอล (cholesterol stones) เป็นชนิดที่พบได้บ่อยประมาณ 80% ของนิ่วในถุงน้ำดีทั้งหมด มีลักษณะเป็นก้อนสีขาว เหลือง หรือเขียว เกิดจากการมีคอเลสเตอรอลเพิ่มมากขึ้นในน้ำดี หรือการบีบตัวของกล้ามเนื้อในถุงน้ำดีมีสมรรถภาพไม่เพียงพอ จึงไม่สามารถบีบสารออกได้หมด
• ชนิดที่เกิดจากเม็ดสีหรือบิลิรูบิน (pigment stones) ก้อนนิ่วชนิดนี้มีขนาดเล็กกว่าและมีสีคล้ำกว่าชนิดที่เกิดจากคอเลสเตอรอล มักพบในผู้ป่วยโรคตับแข็งหรือผู้ป่วยที่มีความผิดปกติของเลือด เช่น โรคโลหิตจางธาลัสซีเมีย โรคโลหิตจางจากการขาดเอนไซม์ G6PD