ภาวะแทรกซ้อนของการตรวจด้วยกล้องแคปซูลมีน้อยมาก แต่ก็อาจเกิดได้ เช่น ภาวะลำไส้อุดตันจากการตีบแคบของลำไส้ ซึ่งเกิดได้จากการอักเสบของลำไส้ เคยผ่าตัดช่องท้องหรือก้อนเนื้องอก ซึ่งจะทำให้มีอาการท้องอืด ปวดท้อง และ/หรืออาเจียนขณะกลืนแคปซูล หากมีอาการดังกล่าวควรรีบแจ้งแพทย์ทันที