ผู้ป่วยจะกลืนแคปซูลขนาด 24 x 11 มิลลิเมตร ที่มีกล้องขนาดจิ๋วติดอยู่พร้อมน้ำโดยไม่ต้องเคี้ยว จากนั้นแคปซูลจะเดินทางไปตามส่วนต่างๆ ของระบบทางเดินอาหารโดยอาศัยการบีบตัวของกระเพาะอาหารและลำไส้ พร้อมกับถ่ายภาพและส่งเป็นสัญญาณวิทยุมายังชุดรับสัญญาณที่ติดอยู่บริเวณหน้าท้องของผู้ป่วย

โดยปกติการตรวจวินิจฉัยด้วยการใช้กล้องแคปซูลจะใช้เวลาทั้งหมดประมาณ 8 ชั่วโมง หลังการกลืนแคปซูลประมาณ 2 ชั่วโมง ผู้ป่วยสามารถรับประทานของเหลวหรือขนมขบเคี้ยวได้บ้าง ระหว่างการตรวจผู้ป่วยสามารถทำกิจกรรมต่างๆ ได้ตามปกติ

• งดน้ำและอาหารก่อนกลืนแคปซูล 12 ชั่วโมง
• ผู้ป่วยจะต้องรับประทานยาระบายก่อนการตรวจเพื่อเตรียมลำไส้ให้ว่าง
• แจ้งแพทย์เกี่ยวกับยาที่ใช้ การแพ้ยา และโรคที่ผู้ป่วยเป็นอยู่
• หากผู้ป่วยเคยผ่าตัด เช่น ผ่าตัดหัวใจ ผ่าตัดหน้าท้อง เคยมีการอักเสบของลำไส้ ใส่ pacemaker ควรแจ้งให้แพทย์ทราบก่อนการนัดตรวจด้วยกล้องแคปซูล

ภาวะแทรกซ้อนของการตรวจด้วยกล้องแคปซูลมีน้อยมาก แต่ก็อาจเกิดได้ เช่น ภาวะลำไส้อุดตันจากการตีบแคบของลำไส้ ซึ่งเกิดได้จากการอักเสบของลำไส้ เคยผ่าตัดช่องท้องหรือก้อนเนื้องอก ซึ่งจะทำให้มีอาการท้องอืด ปวดท้อง และ/หรืออาเจียนขณะกลืนแคปซูล หากมีอาการดังกล่าวควรรีบแจ้งแพทย์ทันที