แก๊สในทางเดินอาหาร ตั้งแต่หลอดอาหาร กระเพาะอาหาร ลำไส้เล็ก และลำไส้ใหญ่ มาจากสองแหล่งด้วยกัน ได้แก่

• อากาศที่ถูกกลืนเข้าไป เป็นสาเหตุทั่วไปของแก๊สในกระเพาะอาหาร ทุกคนกลืนอากาศปริมาณเล็กน้อยขณะรับประทานอาหารและดื่มน้ำอย่างรวดเร็ว การเคี้ยวหมากฝรั่ง การสูบบุหรี่ หรือการใส่ฟันปลอมที่หลวมอาจทำให้บางคนได้รับอากาศเข้าไปมากขึ้น การเรอเป็นวิธีการที่อากาศส่วนมากที่ถูกกลืนเข้าไปซึ่งประกอบด้วยไนโตรเจน ออกซิเจน และคาร์บอนไดออกไซด์ ถูกระบายออกจากกระเพาะอาหาร

แก๊สที่เหลืออยู่จะเคลื่อนต่อไปยังลำไส้เล็กที่ซึ่งบางส่วนจะถูกดูดซึมไป เหลือเพียงปริมาณเล็กน้อยที่เดินทางเข้าสู่ลำไส้ใหญ่เพื่อปลดปล่อยออกทางทวารหนัก กระเพาะอาหารยังปลดปล่อยแก๊สคาร์บอนไดออกไซด์ออกมาเมื่อกรดในกระเพาะอาหารผสมเข้ากับไบคาร์บอเนตในน้ำย่อย แต่แก๊สส่วนใหญ่นี้จะถูกดูดซึมเข้าไปในกระแสเลือดและไม่ผ่านเข้าสู่ลำไส้ใหญ่

• การสลายอาหารที่ไม่ถูกย่อย ร่างกายไม่สามารถย่อยและดูดซึมคาร์โบไฮเดรต (น้ำตาล แป้ง และใยอาหารที่พบในอาหารหลายชนิด) บางชนิดในลำไส้เล็ก เนื่องจากขาดแคลนหรือไม่มีเอนไซม์เฉพาะสำหรับช่วยย่อย อาหารที่ไม่ถูกย่อยเหล่านี้จะผ่านจากลำไส้เล็กเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ที่ซึ่งแบคทีเรียที่ไม่เป็นอันตรายจะย่อยสลายอาหาร ผลิตเป็นแก๊สไฮโดรเจน คาร์บอนไดออกไซด์ และในประชากรประมาณ 1 ใน 3 ที่จะผลิตแก๊สมีเทน

ในที่สุดแล้ว แก๊สเหล่านี้จะผ่านออกทางทวารหนัก ผู้ที่มีแก๊สมีเทนไม่จำเป็นต้องผายลมปล่อยแก๊สออกมามากกว่าปกติหรือมีอาการอื่นที่เฉพาะเจาะจง แต่จะมีอุจจาระที่มีลักษณะลอยอยู่ในน้ำ งานวิจัยไม่ได้แสดงให้เห็นว่าเพราะเหตุใดบางคนจึงผลิตแก๊สมีเทนแต่บางคนไม่ อาหารที่ก่อให้เกิดแก๊สในบางคนอาจไม่ทำให้เกิดแก๊สในอีกคน แบคทีเรียทั่วไปบางชนิดในลำไส้ใหญ่สามารถทำลายแก๊สไฮโดรเจนที่แบคทีเรียอีกชนิดผลิตขึ้นได้ สมดุลระหว่างแบคทีเรียสองชนิดนี้จึงอาจอธิบายว่าทำไมบางคนจึงมีแก๊สมากกว่าคนอื่นๆ