แนวทางในการรักษาโรคนิ่วในกระเพาะปัสสาวะแบ่งออกเป็น 2 ขั้นตอน คือ
1. การเอานิ่วออก ในกรณีที่ก้อนนิ่วมีขนาดเล็กมาก แพทย์อาจเริ่มจากการแนะนำให้ผู้ป่วยดื่มน้ำมากๆ เพื่อให้ร่างกายขับนิ่วออกมาเองตามธรรมชาติ แต่โดยทั่วไปแล้วการเอานิ่วออกสามารถทำได้ 3 วิธีดังต่อไปนี้ คือ
a. การส่องกล้องผ่านท่อปัสสาวะ (Cystolitholapaxy) โดยแพทย์จะส่องกล้องเข้าไปในท่อปัสสาวะเพื่อขบนิ่วให้แตกเป็นชิ้นเล็กๆ แล้วให้หลุดไหลออกมากับน้ำปัสสาวะ
b. การสลายนิ่วด้วยคลื่นกระแทก (Extracorporeal Shock Wave Lithotripsy : ESWL) เป็นการใช้คลื่นเสียงทำให้เกิดแรงกระแทกที่ก้อนนิ่วจนก้อนนิ่วแตกเป็นชิ้นเล็กๆ และหลุดไหลออกมากับน้ำปัสสาวะ
c. การผ่าตัด ใช้ในกรณีที่ก้อนนิ่วมีขนาดใหญ่ หรือเป็นนิ่วเขากวางที่มีกิ่งก้านหลายกิ่งจนไม่สามารถเอาออกด้วยวิธีอื่นได้
2. รักษาที่สาเหตุของโรค เนื่องจากการเอานิ่วออกเพียงอย่างเดียวโดยไม่ได้แก้ไขที่ต้นเหตุของการเกิดโรคอาจทำให้ผู้ป่วยกลับมาเป็นนิ่วซ้ำได้อีก ซึ่งการรักษาที่สาเหตุนี้ยกตัวอย่างเช่น
- หากนิ่วเกิดจากการมีปัสสาวะคั่งค้างในกระเพาะปัสสาวะ แพทย์ต้องตรวจวินิจฉัยให้แน่ชัดว่าการคั่งค้างนั้นเกิดจากอะไรแล้วทำการรักษาไปพร้อมกัน เช่น ผ่าตัดต่อมลูกหมากโดยใช้วิธีส่องกล้องในกรณีที่ เกิดจากต่อมลูกหมากโต หรือทำการขยายท่อปัสสาวะในกรณีที่มีการตีบตัน
- หากนิ่วเกิดจากการที่กระเพาะปัสสาวะทำงานผิดปกติ เช่น บีบตัวไม่ดี ผู้ป่วยอาจจำเป็นต้องใช้สายสวนในการช่วยปัสสาวะ