ก่อนเข้ารับการฉีดยาโบท็อกซ์ ผู้ป่วยจะได้รับการตรวจปัสสาวะ และยาปฏิชีวนะเพื่อลดความเสี่ยงต่อการติดเชื้อจากการส่องกล้อง จากนั้นจะเป็นการระงับความรู้สึกในระหว่างการทำหัตถการ โดยแพทย์อาจใช้วิธีการระงับความรู้สึกทางช่องไขสันหลังหรือการบล็อกหลัง (spinal anesthesia) หรือให้ยาสลบทางหลอดเลือดดำ (IV sedation)

ในการรักษา แพทย์จะสอดกล้อง cystoscope ผ่านท่อปัสสาวะเข้าไปยังกระเพาะปัสสาวะ เพื่อที่จะเห็นภาพภายในกระเพาะปัสสาวะได้อย่างชัดเจน จากนั้นจึงแทงเข็มฉีดยาเล็กๆผ่านกล้องเข้าไปในกล้ามเนื้อกระเพาะปัสสาวะ 20-30 จุดเพื่อกระจายยาให้ทั่วทั้งกระเพาะปัสสาวะ ซึ่งขั้นตอนทั้งหมดใช้เวลาประมาณ 40 นาที

หลังการฉีดยา แพทย์จะให้ผู้ป่วยนอนพักภายในโรงพยาบาล 1 คืนเพื่อดูอาการ เนื่องจากผู้ป่วยบางรายอาจตอบสนองต่อยามากเกินไปทำให้มีอาการปัสสาวะไม่ออก ซึ่งพบได้ประมาณร้อยละ 1-2 ของผู้ป่วยที่ได้รับการฉีดยาโบท็อกซ์ทั้งหมด เมื่อผู้ป่วยแสดงให้เห็นว่าสามารถปัสสาวะได้เองแล้ว แพทย์จึงอนุญาตให้กลับบ้านได้

โดยทั่วไป ผู้ป่วยที่ได้รับการฉีดยาโบท็อกซ์ที่กระเพาะปัสสาวะจะมีอาการดีขึ้นภายใน 2 สัปดาห์

การฉีดยาโบท็อกซ์ใช้กับผู้ที่มีความผิดปกติของระบบควบคุมการขับปัสสาวะ ซึ่งได้แก่

• ผู้ที่มีภาวะกระเพาะปัสสาวะบีบตัวไวเกิน (OAB) คือ มีอาการปวดปัสสาวะฉับพลัน และต้องไปห้องน้ำทันทีโดยไม่สามารถรอได้ ร่วมกับมีอาการปัสสาวะบ่อยหรือมากกว่า 8 ครั้งต่อวัน และปัสสาวะบ่อยช่วงกลางคืน(หลังจากนอนหลับ) 
• ผู้ที่มีภาวะกระเพาะปัสสาวะทำงานผิดปกติจากระบบประสาท (neurogenic bladder) ซึ่งผู้ป่วยจะมีอาการกลั้นปัสสาวะไม่ได้ เช่นเดียวกับภาวะ OAB โดยอาจพบร่วมกับภาวะแรงดันในกระเพาะปัสสาวะสูงกว่าปกติ (low compliance bladder)

โดยพิจารณาในรายที่ใช้ยารับประทานแล้วได้ผลไม่ดี หรือต้องการหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงจากยารับประทาน

ก่อนเข้ารับการฉีดยา แพทย์จะทำการซักประวัติและอาการของผู้ป่วย พร้อมตรวจร่างกายเพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีอาการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะซึ่งอาจเป็นหนึ่งในสาเหตุของภาวะปัสสาวะเล็ดราด จากนั้นผู้ป่วยอาจต้องพิจารณาเข้ารับการตรวจวิเคราะห์แบบยูโรไดนามิก หรือการตรวจยูโรพลศาสตร์ (urodynamic study) เพื่อศึกษาจำลองดูการทำงานของระบบการปัสสาวะแบบละเอียด ในกรณีที่แพทย์เห็นว่าจำเป็น เพื่อใช้ข้อมูลที่ได้มาวางแผนในการรักษาให้เหมาะสมที่สุด 

เมื่อพิจารณาร่วมกับผู้ป่วยแล้ว เห็นสมควรรักษาโดยการฉีดยาโบท็อกซ์เข้ากล้ามเนื้อกระเพาะปัสสาวะผู้ป่วยจึงจะเข้ารับการเตรียมตัวในเรื่องสุขภาพโดยรวมก่อนการส่องกล้องฉีดยา 

สำหรับผู้ป่วยที่ใช้ยาเม็ดรับประทานไม่ได้ผล มีข้อห้ามในการใช้ยาเม็ดรับประทานยา หรือมีผลข้างเคียงจากยาเม็ดรับประทานการฉีดยาโบท็อกซ์ เป็นอีกทางเลือกหนึ่งที่ช่วยบรรเทาอาการไม่พึงประสงค์จากความผิดปกติในการควบคุมการขับถ่ายปัสสาวะ โดยช่วยลดความถี่และความรีบเร่งในการเข้าห้องน้ำเพื่อปัสสาวะ ได้อย่างมีนัยสำคัญ ในผู้ป่วยที่ตอบสนองได้ดีอาจเห็นผลลัพธ์ได้ในเวลาเพียง 3-4 วันหลังการฉีดยา และยาจะคงฤทธิ์อยู่ได้ 6-9 เดือนโดยประมาณขึ้นอยู่กับผู้ป่วยแต่ละราย

เมื่อยาหมดฤทธิ์ ผู้ป่วยบางรายอาจจำเป็นต้องฉีดซ้ำ โดยเฉพาะผู้ป่วยที่มีภาวะกระเพาะปัสสาวะทำงานผิดปกติจากระบบประสาท เนื่องจากความผิดปกติจากระบบประสาทมักมีการฟื้นตัวช้าและไม่สมบูรณ์ และการรักษาด้วยวิธีอื่น เช่น การปรับเปลี่ยนพฤติกรรม การฝึกควบคุมกล้ามเนื้อหูรูดต่างๆมักได้ผลไม่ดี

การฉีดยาโบท็อกซ์เข้ากล้ามเนื้อกระเพาะปัสสาวะอาจก่อให้เกิดภาวะแทรกซ้อน เช่น 
-    การติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ 
-    ปัสสาวะมีเลือดปน พบได้ในช่วงแรกหลังการส่องกล้องระบบปัสสาวะ โดยทั่วไปมักหายได้เอง
-    ภาวะคั่งค้างของปัสสาวะหรือปัสสาวะออกไม่หมด 
-    ปัสสาวะไม่ออก 

ในกรณีของอาการปัสสาวะไม่ออก ผู้ป่วยอาจจำเป็นต้องสวนปัสสาวะด้วยตนเองเป็นพักๆ อย่างไรก็ตาม อาการดังกล่าวเกิดขึ้นได้น้อยมาก และมักหายไปเมื่อหมดฤทธิ์ยาหรือภายในเวลา 5-6 เดือน 

ผู้ป่วยสามารถกลับไปทำกิจวัตรประจำวันได้ตามปกติภายใน 1-2 วันหลังจากฉีดยา โดยแพทย์จะให้คำแนะนำในการดูแลตนเองที่บ้าน และนัดตรวจติดตามอาการเป็นระยะ ทั้งนี้ ผู้ป่วยควรมาพบแพทย์ทันทีหากพบภาวะแทรกซ้อนข้างต้น