การผ่าตัดมีวัตถุประสงค์เพื่อรักษาอาการของโรคกรดไหลย้อนโดยไม่ต้องใช้ยาลดกรดหรือลดขนาดยาที่ใช้เพื่อควบคุมอาการของโรคกรดไหลย้อน

การผ่าตัดนี้ยังอาจใช้ได้ในผู้ป่วยที่ไม่มีไส้เลื่อนที่กะบังลม การผ่าตัดอาจเป็นทางเลือกการรักษาในกรณีต่อไปนี้

• การรักษาด้วยยาไม่สามารถบรรเทาอาการได้อย่างสมบูรณ์ และอาการที่คงเหลืออยู่พิสูจน์ได้ว่ามีสาเหตุมาจากการไหลย้อนของกรดในกระเพาะอาหาร
• ผู้ป่วยไม่ต้องการรับประทานยาหรือเกิดผลข้างเคียงที่ทำให้ไม่สามารถรับประทานยาต่อเนื่องเป็นเวลานานเพื่อควบคุมอาการของโรคกรดไหลย้อน และผู้ป่วยยินดียอมรับความเสี่ยงจากการผ่าตัด
• อาการของผู้ป่วยไม่ดีขึ้นมากพอจากการรักษาด้วยยา ตัวอย่างของอาการเหล่านี้ ได้แก่ โรคหืด เสียงแหบ หรือไอร่วมกับกรดไหลย้อน

• กลืนลำบาก เนื่องจากกระเพาะอาหารถูกรัดอยู่สูงเกินไปบนหลอดอาหารหรือถูกรัดแน่นเกินไป
• หลอดอาหารและ/หรือบางส่วนของกระเพาะอาหารเลื่อนหลุดออกจากการรัดจึงทำให้ลิ้นเปิดปิด (หูรูดส่วนปลายของหลอดอาหาร) หลุดจากการถูกรัดพยุง
• อาจกลับมามีอาการแสบร้อนกลางอก
• ท้องอืดและอาการไม่สบายจากแก๊สที่สะสมเนื่องจากผู้ป่วยไม่สามารถเรอได้
• มีแก๊สมากเกินไป
• ทำให้เกิดรูที่หลอดอาหารหรือกระเพาะอาหาร
• ความเสียหายต่อตับ
• ความเสี่ยงจากการใช้ยาสลบ
• ความเสี่ยงหลักจากการผ่าตัด (การติดเชื้อหรือมีเลือดออก) 

สำหรับผู้ป่วยบางราย ผลข้างเคียงของการผ่าตัด เช่น ท้องอืดจากการสะสมของแก๊ส ปัญหาการกลืน และอาการปวดที่แผลผ่าตัด อาจรบกวนได้มากเท่ากับอาการของโรคกรดไหลย้อน การผ่าตัดเพื่อรักษาโรคกรดไหลย้อนหรือในบางกรณีแม้การผ่าตัดครั้งที่สองก็อาจไม่สามารถบรรเทาอาการของภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้ได้

ยาที่ช่วยลดปริมาณกรดในกระเพาะอาหารมีประสิทธิภาพในการควบคุมอาการและรักษาอาการอักเสบ การรักษาด้วยวิธีการผ่าตัดจะแนะนำเฉพาะเมื่อผู้ป่วยยังคงมีอาการอย่างต่อเนื่องหรือไม่ต้องการที่จะรักษาด้วยยาอีกต่อไปเนื่องจากมีผลแทรกซ้อนที่รุนแรง เช่น หลอดอาหารอักเสบ หรือหลอดอาหารอักเสบเรื้อรัง (Barrett’s esophagus) ซึ่งอาจนำไปสู่การเกิดมะเร็งหลอดอาหาร

ความสำเร็จของการรักษาขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายประการ หากมีข้อสงสัยควรปรึกษาแพทย์ก่อนเข้ารับการผ่าตัด
 
จะเป็นอย่างไรหากไม่ได้รับการรักษาด้วยวิธีนี้
กรดไหลย้อนอาจก่อให้เกิดอาการแสบร้อนกลางอกหรือกรดในช่องปาก กรดนี้สามารถทำให้หลอดอาหารอักเสบ เกิดแผลเป็น หรือกลายเป็นภาวะการอักเสบเรื้อรังของหลอดอาหาร (Barrett’s esophagus) ซึ่งอาจนำไปสู่การเกิดมะเร็งหลอดอาหาร การผ่าตัดอาจเป็นการรักษาที่แนะนำสำหรับผู้ป่วยที่ยังคงมีอาการของโรคกรดไหลย้อนอยู่แม้ในขณะที่กำลังได้รับการรักษาด้วยยา