1. พันธุกรรม
     2. การแต่งงานในเครือญาติ
     3. สังคมและเศรษฐานะ พบว่าร้อยละ 94 ของความผิดปกติแต่กำเนิดเกิดขึ้นในประเทศรายได้ต่ำและปานกลาง เนื่องจากปัจจัยของอาหารของมารดาในระหว่างตั้งครรภ์ , การติดเชื้อระหว่างตั้งครรภ์ , การดูแลและการเข้าถึงการฝากครรภ์
     4. อายุของบิดาและมารดา  มารดาที่อายุมากเพิ่มความเสี่ยงต่อทารกที่มีโครโมโซมผิดปกติ
     5. สุขภาพของมารดา เช่น ภาวะอ้วน , ภาวะน้ำตาลในเลือดสูง , ภาวะความดันโลหิตสูงในมารดา
     6. สิ่งแวดล้อม มารดาที่ได้รับหรือสัมผัสต่อยาฆ่าแมลง หรือสารเคมีต่าง ๆ เอกซเรย์ การฉายแสง เพิ่มความเสี่ยงของความผิดปกติโดยกำเนิดต่อทารกในครรภ์ การอาศัยใกล้หรือในบริเวณโรงงาน เหมืองแร่ อุตสาหกรรมโลหะต่าง ๆ อาจเป็นปัจจัยหนึ่งได้ เหล้าและบุหรี่เพิ่มความเสี่ยงต่อ fetal alcohol syndrome และ cleft lip กับ cleft palate ตามลำดับ
     7. ยาต่าง ๆ ที่มารดารับประทานระหว่างตั้งครรภ์ เช่น fluoxetine , paroxetine ยารักษาภาวะซึมเศร้า , isotretinion     ยารักษาสิว , valproic acid และ carbarmazepime ยารักษาโรคลมชัก
     8. การติดเชื้อในมารดา เช่น syphils , rubella , TORCH infection
 

     1. วางแผนก่อนการตั้งครรภ์
     2. รณรงค์ให้มารดารับประทานอาหารที่มีประโยชน์ครบ 5 หมู่ รวมถึงผักและผลไม้ และมีน้ำหนักตัวที่เหมาะสม
     3. หลีกเลี่ยงสารต่าง ๆ ที่มีผลต่อการพัฒนาตัวเด็กในครรภ์ โดยเฉพาะเครื่องดื่มแอลกอฮอล์ บุหรี่ และยาเสพติด
     4. หลีกเลี่ยงการเดินทางไปประเทศหรือสถานที่ที่มีการระบาดของการติดเชื้อที่สัมพันธ์ต่อความผิดปกติโดยกำเนิด
     5. หลีกเลี่ยงการสัมผัสหรือการรับสารต่าง ๆ ที่มีผลต่อทารกในครรภ์ เช่น โลหะหนัก ยาฆ่าแมลง
     6. ดูแลสุขภาพของมารดาตั้งแต่ก่อนตั้งครรภ์ ภาวะหรือโรคต่าง ๆ ในมารดาหลายอย่างมีผลกระทบต่อการพัฒนาการเจริญเติบโตของทารกในครรภ์
     7. การให้วัคซีน โดยเฉพราะวัคซีนป้องกันหัดเยอรมันในเด็กและหญิงวัยเจริญพันธ์ก่อนการตั้งครรภ์
     8. การตรวจคัดกรองการติดเชื้อต่าง ๆ เช่น อีสุกอีใส , หัดเยอรมัน , ซิฟิลิส รวมถึงการพิจารณาให้การรักษาการติดเชื้อ

ความผิดปกติโดยกำเนิดมาจากสาเหตุหลายอย่าง การดูแลป้องกันมีหลายวิธีตามสาเหตุต่าง ๆ ที่สำคัญ คือต้องเริ่มการดูแลสุขภาพของมารดาตั้งแต่ก่อนการตั้งครรภ์อย่างน้อย 3-4 สัปดาห์ เนื่องจากกว่าผู้หญิงจะรู้ว่าตนเองตั้งครรภ์ ก็ตั้งครรภ์ไปประมาณเกือบ 3- 4 สัปดาห์แล้ว และการพัฒนาเป็นอวัยวะต่าง ๆ เกิดขึ้นไตรมาสแรก ฉะนั้นสารหรือภาวะต่าง ๆ ที่มีผลต่อการพัฒนาตัวของเด็กทารกในครรภ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งช่วงไตรมาสแรกของการตั้งครรภ์จะขัดขวางการพัฒนาและทำให้เกิดความผิดปกติโดยกำเนิด