ในปัจจุบันการปลูกถ่ายเชื้อจุลินทรีย์ในอุจจาระใช้สำหรับรักษาโรคลำไส้อักเสบจากเชื้อซี ดิฟฟิไซล์ (C. difficile) ที่กลับเป็นซ้ำ ซึ่งเป็นโรคติดเชื้อที่มีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรียคลอสตริเดียม ดิฟฟิไซล์ (Clostridium difficile) และภาวะแทรกซ้อนจากการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ
เชื้อซี ดิฟฟิไซล์สามารถก่อให้เกิดอาการท้องเสียที่ทำให้ร่างกายอ่อนเพลียและอาจรุนแรงจนเป็นอันตรายถึงชีวิต แม้ว่าการติดเชื้อครั้งแรกอาจรักษาได้ด้วยยาปฏิชีวนะ แต่ในผู้ป่วยร้อยละ 30 จะมีการติดเชื้อซ้ำ ซึ่งในกรณีของการติดเชื้อซ้ำอาจจำเป็นต้องใช้ยาปฏิชีวนะในการรักษาอีกครั้งหรืออาจใช้การปลูกถ่ายเชื้อจุลินทรีย์ในอุจจาระซึ่งถือเป็นอีกทางเลือกหนึ่ง ทั้งนี้การศึกษาล่าสุดในวารสารการแพทย์นิวอิงแลนด์แสดงให้เห็นว่าการปลูกถ่ายเชื้อจุลินทรีย์ในอุจจาระมีประสิทธิภาพมากกว่าการรักษาด้วยยาในการป้องกันการกลับเป็นซ้ำในอนาคตในผู้ป่วยที่มีการติดเชื้อซี ดิฟฟิไซล์ซ้ำมาก่อนแล้ว
 
ข้อมูลสำหรับผู้บริจาคเชื้อจุลินทรีย์ในอุจจาระ
ผู้ที่ไม่สามารถบริจาคเชื้อจุลินทรีย์ในอุจจาระได้ ได้แก่ ผู้ที่มีปัจจัยเสี่ยงต่อการติดเชื้อเอชไอวีและไวรัสตับอักเสบ ผู้ที่มีโรคของกระเพาะอาหารและลำไส้หรือโรคภูมิต้านตนเอง หรือมีประวัติของโรคมะเร็ง สำหรับผู้บริจาคที่ผ่านตามเกณฑ์ข้อกำหนดจะได้รับการตรวจเลือดสำหรับโรคติดเชื้อต่างๆ รวมถึงเอชไอวี ไวรัสตับอักเสบเอ บี และซี และซิฟิลิส ผู้บริจาคจะต้องส่งตัวอย่างอุจจาระเพื่อตรวจหาเชื้อแบคทีเรีย (เช่น ซาลโมเนลลา และแคมไพโลแบคเตอร์) ปรสิต และคลอสตริเดียม ดิฟฟิไซล์