ケロイド痕が発生する可能性の方やヘルペス等の皮膚の感染症・疾患のある方は、削皮術に適合しない場合があります。ヘルペス等のウイルス性感染症にかかったことがある場合は、事前に医師へお知らせください。削皮術、ケミカルピーリング、レーザーリサーフェシングによる治療後は、ウイルス異常が広がり、治療部位に深刻な悪影響を及ぼす場合があります。そのため、治療を受ける前および傷が完治するまで抗ウイルス剤が処方されます。また、細菌感染症のリスクも高く、水系や植物系の感染であっても、治療部位に感染が起こると、大きな瘢痕を残す可能性があります。

上記以外にも、水疱（水膨れ）、稗粒腫（皮脂の固まり）、感染症、治療部位の瘢痕組織の肥厚化、低色素沈着（あるいは色素脱失）・高色素沈着のリスクがあります。治療前の12～18ヶ月以内にAccutane内服薬を使用していた場合は、皮膚の肥厚化やケロイド跡が生じる可能性があるため、特に注意が必要です。

ケロイドや低色素沈着・高色素沈着になりやすい方、熱傷に敏感な方、軽度の切り傷・擦り傷で大きな瘢痕ができる方は、削皮術に適合しません。

削皮術により、高色素沈着や低色素沈着になりやすい人種があります。また、診断未確定の病変 、ヘルペス、イボ、進行中のじくじくとしたニキビ（ステージ3～4）、進行性の酒さ性皮膚炎、不安定型糖尿病、自己免疫疾患、色素異常の症状、顔全体のシワ、できもの、目の下のクマのある方も、削皮術に適合しません。