جهاز تنظيم الدماغ يتم زراعتة بواسطة جراح مخ و أعصاب متخصص فى الوظائف المجسمة . هذا يعنى أنه هناك أطار رئيسى يستخدم ليحافظ على ثبات رأس المريض أثناء الجراحة و يستخدم جراح المخ و الأعصاب تقنيات تصويرية خاصة , مثل أشعة الرنين المغناطيسى ( أم أر أى ) أو الأشعة المقطعة ( سى تى ) , لرسم المخ و تحديد مكان يتم تحفيزه .
 
هناك جزئين للجراحة : عملية زراعة الأسلاك و الجراحة لزراعة المحفز العصبى ( المحفزات العصبية ) و الملحقات . عادة يكون المريض يقظ فى الجزء الأول , أثناء وضع الأسلاك , لذلك يمكن عمل حوار مع الجراح و بدقة معرفة أى جزء من المخ تم تجاوزه . للجزء الثانى , عندما يضع الجراح مواضع و اطالات المحفز العصبى ( بشكل عام فى جدار الصدر ) يكون المريض مخدر تماما . مدة الجراحة تعتمد على وضع سلك او اثنين فى المخ . بعض الجراحات تستمر لمدة خمس ساعات أو أكثر .